Вначале установим количество слогов в слове «маркировать»:
мар-ки-ро-вать.
Итак, в слове содержится четыре гласных звука, значит, соответственно столько же слогов. Первый слог закрывает непарный звонкий согласный [р].
Постановка ударения зависит от значения слова. Если этот глагол является лингвистическим термином и значит «провести полосы, борозды специальным маркером», то голосом выделим гласный второго слога:
мар-ки́-ро-вать.
Это ударение является постоянным в его формах настоящего времени:
Если глагол обозначает «ставить клеймо, отметку, ярлык на товаре или чем-либо», то произносится это слово с ударным гласным «а» четвертого слога:
мар-ки-ро-ва́ть.
А в формах глагола настоящего времени ударным станет третий слог:
я мар-ки-ру́-ю, ты мар-ки-ру́-ешь, он марки-ру́-ет.
Причастие «маркиро́ванный» имеет также ударный гласный третьего слога:
мар-ки-ро́-ван-ный.